Science dergisinde yayınlanan yeni bir araştırmaya göre, okyanustaki genetik materyalin analizi, daha önce bilinmeyen binlerce RNA virüsünü tanımladı ve var olduğu düşünülen virüslerin filumlarının veya biyolojik gruplarının sayısını iki katına çıkardı.
RNA virüsleri en çok insanlarda neden oldukları soğuk algınlığından COVID-19’a kadar uzanan hastalıklarla bilinir. Ayrıca insanlar için önemli olan bitki ve hayvanları da enfekte ederler.
Bu virüsler genetik bilgilerini DNA’da değil RNA’da taşırlar. RNA virüsleri , DNA virüslerinden çok daha hızlı evrimleşir. Bilim adamları, doğal ekosistemlerinde yüz binlerce DNA virüsünü kataloglarken RNA virüsleri nispeten incelenmemiştir.
Bununla birlikte, insanlardan ve hücrelerden oluşan diğer organizmalardan farklı olarak, virüsler, araştırmacıların genetik barkod olarak adlandırdıkları gibi davranabilecek benzersiz kısa DNA uzantılarından yoksundur. Bu barkod olmadan, vahşi doğada farklı virüs türlerini ayırt etmeye çalışmak zor olabilir.
Araştırmacılar, bu sınırlamayı aşmak için, bir virüsün genetik materyalini kopyalamasına izin veren belirli bir proteini kodlayan geni tanımlamaya karar verdiler. Tüm RNA virüslerinin paylaştığı tek proteindir, çünkü kendilerini yaymalarında önemli bir rol oynar. Bununla birlikte, her RNA virüsünün, bir virüs türünü diğerinden ayırt etmeye yardımcı olabilecek proteini kodlayan gende küçük farklılıkları vardır.
Bu nedenle, dört yıllık Tara Oceans keşif gezileri küresel araştırma projesi sırasında toplanan planktondan RNA dizilerinin küresel bir veri tabanı tarandı . Plankton, akıntıya karşı yüzemeyecek kadar küçük olan herhangi bir suda yaşayan organizmadır. Okyanus besin ağlarının hayati bir parçasıdırlar ve RNA virüsleri için ortak konaklardır. Tarama sonunda virüs proteinini kodlayan 44.000’den fazla gen tanımlandı.
Bir sonraki mücadele, bu genler arasındaki evrimsel bağlantıları belirlemekti. İki gen ne kadar benzerse, bu genlerle virüslerin yakından ilişkili olma olasılığı o kadar yüksekti. Bu dizilimler çok uzun zaman önce (muhtemelen ilk hücreden önce ) evrimleştiğinden, yeni virüslerin ortak bir atadan ayrıldığı yerleri gösteren genetik işaretler zaman içinde kaybolmuştu. Bununla birlikte, makine öğrenimi adı verilen bir yapay zeka biçimi, bu dizileri sistematik olarak düzenlememize ve görevlerin manuel olarak yapılmasından daha nesnel olarak farklılıkları tespit edilmesine izin verdi.
Toplam 5.504 yeni deniz RNA virüsü tanımlandı ve bilinen RNA virüsü filumlarının sayısını beşten 10’a iki katına çıkardk. Bu yeni dizileri coğrafi olarak haritalamak, yeni filumlardan ikisinin özellikle geniş okyanus bölgelerinde bol olduğunu ve her iki ılıman iklimde bölgesel tercihlerle birlikte olduğunu ortaya çıkardı.
Taraviriicota’nın , araştırmacıların uzun süredir aradığı RNA virüslerinin evrimindeki eksik halka olabileceğine ve RNA virüslerinin, çoğalma biçimleri bakımından birbirinden ayrılan iki farklı dalını birbirine bağlayabileceğine inanılıyor.
Bu yeni diziler, bilim adamlarının yalnızca RNA virüslerinin evrimsel tarihini değil, aynı zamanda Dünya’daki erken yaşamın evrimini de daha iyi anlamalarına yardımcı oluyor.
Hayati rolleri var
COVID-19 pandemisinin gösterdiği gibi, RNA virüsleri ölümcül hastalıklara neden olabilir. Ancak RNA virüsleri aynı zamanda ekosistemlerde hayati bir rol oynar çünkü ortamları ve gıda ağlarını kimyasal düzeyde etkileyen mikroplar da dahil olmak üzere çok çeşitli organizmaları enfekte edebilirler .
Bu RNA virüslerinin dünyanın neresinde yaşadığının haritasını çıkarmak, gezegenimizi yöneten birçok ekolojik süreci yöneten organizmaları nasıl etkilediklerini netleştirmeye yardımcı olabilir. Çalışmamız ayrıca, genetik veri tabanları büyüdükçe araştırmacıların yeni virüsleri kataloglamasına yardımcı olabilecek gelişmiş araçlar da sağlıyor.
Pek çok yeni RNA virüsü tanımlamasına rağmen, hangi organizmaları enfekte ettiklerini saptamak hala zor. Araştırmacılar ayrıca kısmen genetik karmaşıklıkları ve teknolojik sınırlamaları nedeniyle çoğunlukla tamamlanmamış RNA virüsü genomlarının parçalarıyla sınırlıdır .
Sonraki adımlar, ne tür genlerin eksik olabileceğini ve zaman içinde nasıl değiştiklerini bulmak olacaktır. Bu genleri ortaya çıkarmak, bilim adamlarının bu virüslerin nasıl çalıştığını daha iyi anlamalarına yardımcı olabilir.
[